D
在一定區(qū)域內(nèi)生物和它所生活的環(huán)境就形成一個生態(tài)系統(tǒng)．它包括生物部分和非生物部分．生物部分包括植物、動物、細菌真菌等微生物，非生物部分包括陽光、空氣、水、土壤、溫度等，只有生物不叫生態(tài)系統(tǒng)，只有環(huán)境也不叫生態(tài)系統(tǒng)．據(jù)此可以解答本題．
解：A、湖光巖里的樹，只包括了生物部分的部分植物，沒有其它生物，也沒有環(huán)境部分，不能構(gòu)成一個完整的生態(tài)系統(tǒng)，不符合題意．
B、湛江金鹿園中的梅花鹿，只包括了生物部分的部分動物，沒有其它生物，也沒有環(huán)境部分，不能構(gòu)成一個完整的生態(tài)系統(tǒng)，不符合題意．
C、南亞熱帶研究所中的珍稀植物，只包括了生物部分的部分植物，沒有其它生物，也沒有環(huán)境部分，不能構(gòu)成一個完整的生態(tài)系統(tǒng)，不符合題意．
D、一片菜地，既包括了環(huán)境，又包括了此環(huán)境中的所有生物，符合生態(tài)系統(tǒng)的概念，符合題意．
故選：D
